Depuis Léon IX, les papes sont engagés dans une profonde réforme de la moralité du clergé et dans une lutte pour s’affranchir de l’Empereur germanique d’une part, d’autre part de la noblesse romaine qui faitt ou défait la papauté à sa guise.
Outre la question de la chasteté du clergé, la nomination des évêques et des principaux abbés est un sujet de conflit majeur, entre 1075 et 1122. L’enjeu est de permettre aux clercs de choisir librement leurs supérieurs parmi ceux d’entre eux les plus vertueux, échappant ainsi au pouvoir de nomination des rois et des princes qui au contraire, puisent dans leur vivier familial des hommes souvent peu scrupuleux. Les historiens modernes appellent cela la Querelle des investitures.
Créditée du nom du pape Grégoire VII (1073-1085), la rupture grégorienne est une révolution culturelle qui impose, sur plus d’un siècle de lutte entre Rome et le reste de la société féodale, la purification morale et disciplinaire du clergé, par la suite son indépendance de tout pouvoir laïc, et pour finir sa supériorité sur toute autorité temporelle. Elle se pense comme un retour à la forme vertueuse de l’Eglise primitive. Cette conception binaire et hiérarchisée du monde va éclipser l’ancienne idéologie des trois ordres fonctionnels, théorisée par le moine Haymon de Saint- Germain d’Auxerre vers 860, avec ceux qui prient, qui combattent, qui travaillent. Dans ce bouleversement sociologique, tous les laïcs passent en position subalterne, au plan pratique, éthique et en matière de salut. En contrepartie, les clercs, et au premier chef les moines, doivent être totalement désintéressés, et poursuivre une obsession de pureté qui s’accompagne d’une diabolisation de toute sexualité, et accessoirement de la femme. Le célibat du clergé romain s’affirme comme exigence à partir de là.
La simonie et le nicolaïsme sont les hérésies les plus combattues par la réforme grégorienne.
Le goût de l’argent ou du pouvoir poussait des clercs à acheter, vendre, obtenir des faveurs temporelles, en échange de biens spirituels ( bénédictions, grâces, indulgences ). Certains évêques ou abbés de noble lignage se débrouillent aussi pour aliéner des terres de l’Église au bénéfice de leurs familles. Cette hérésie appelée simonie est nommée d’après les Actes des apôtres, 8-20 à 22, où le mage Simon propose à Pierre d’acheter le pouvoir de recevoir le Saint-Esprit par imposition des mains.
Selon les Pères de l’église, un diacre nommé Nicolas prêchait la compatibilité de la vie apostolique et de l’union charnelle. Des religieux pratiquent donc couramment une vie publique avec des femmes, fondée sur le désir charnel et celui d’avoir des enfants. L’antique discipline de chasteté des premiers siècles chrétiens avait ainsi subi des entorses généralisées, du bas clergé jusqu’aux archevêques. Au XIe siècle, des papes réformateurs finissent par imposer l’abstinence sexuelle aux clercs d’occident, du moins en droit canon sinon dans les faits. De nombreux prélats vont respecter cet interdit du mariage, mais pas des relations charnelles, ceci jusqu’à la remise en cause de la Réforme.
Les églises d’orient ont pour leur part une approche théologique plus flexible du sujet.